3.1. Планирование и организация несения службы таможенными судами в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности Управления.
3.2. Участие в подготовке и приведении оперативно-поисковых мероприятий, проводимых подразделениями таможенных органов.
3.3. Участие в подготовке и проведении специальных оперативно-розыскных мероприятий, проводимых подразделениями таможенных органов совместно с подразделениями ФСБ Росси, ФПС России, МВД России, ФСНП России, Госкомрыболовства России.
3.4. Анализ и обобщение опыта использования таможенных судов на службе, подготовка предложений руководству Управления о повышении эффективности несения службы таможенными судами.
3.5. Контроль выполнения таможенными судами законодательства и нормативных правовых актов Российской Федерации, норм международного морского права в части, касающейся исполнения ими обязанностей в сфере таможенного дела в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности Управления.
3.6. Подготовка предложений о развитии и совершенствовании организационно-технических основ системы управления морскими подразделениями и таможенными судами.
3.7. Планирование и организация связи с судами в регионе деятельности Управления.
3.8. Планирование, организация и контроль поддержания судов в установленной боевой готовности к выполнению поставленных задач.
3.9. Сбор, обработка, анализ и обобщение данных об обстановке в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в регионе деятельности Управления.
3.10. Организация доведения задач, поставленных начальником Управления и начальником морского отдела УТО до морских подразделений и таможенных судов.
3.11. Организация, контроль и обеспечение взаимодействия между морскими подразделениями и таможенными судами Управления.
3.12. Контроль выполнения мероприятий по всем видам обеспечения морских подразделений.
3.13. Разработка и представление руководству Управления, начальнику УТО, начальнику Главного управления тылового обеспечения (далее - ГУТО) предложений по обеспечению деятельности морских подразделений и таможенных судов.
3.14. Разработка и представление руководству Управления, начальнику УТО, начальнику Главного управления кадров (далее - ГУК) предложений по совершенствованию структуры морских подразделений и их штатных расписаний.
3.15. Планирование и организация подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов морских подразделений и таможенных судов, осуществление контроля по видам подготовки: таможенной, тактической, морской, специальной, а также по борьбе за живучесть судна.
3.16. Анализ и обобщение результатов эксплуатации оружия и технических средств судов, разработка организационных мероприятий, способствующих повышению их технической надежности.
3.17. Планирование и организация технического надзора за таможенными судами.
3.18. Разработка и контроль за выполнением комплекса мероприятий по предупреждению аварийности технических средств таможенных судов, обеспечению их взрыво- и пожаробезопасности, предупреждению несчастных случаев и гибели членов экипажей.
3.19. Разработка и контроль за выполнением комплекса мероприятий по обеспечению безопасности плавания судов и предупреждению навигационной аварийности.
3.20. Рассмотрение, согласование и обобщение заявок начальников морских групп (отделов) таможен об обеспечении имуществом и вооружением: штурманским, артиллерийским, радиотехническим и связи; электротехническим; шкиперским; аварийно-спасательным, а также об обеспечении топливо-смазочными материалами, морскими и топографическими картами, специальной морской литературой, учебной техникой и пособиями.
3.21. Разработка и представление начальнику Управления предложений о планировании, организации и проведении всех видов ремонтов таможенных судов.
3.22. Разработка и представление начальнику Управления предложений об организации базирования таможенных судов, согласование проектной документации по строительству объектов их базирования.
3.23. Планирование и организация в пределах своей компетенции совместно с заинтересованными подразделениями Управления комплектования специалистами морских подразделений.
3.24. Планирование, организация и контроль переводов таможенных судов между таможнями (в пределах одного бассейна).
3.25. Изучение и анализ обстоятельств происшествий с таможенными судами, проведение расследований, подготовка итоговых документов на утверждение начальнику Управления и ГТК России.
3.26. Разработка и представление начальнику Управления проектов приказов, распоряжений , указаний и писем по вопросам деятельности морских подразделений и таможенных судов региона.
3.27. Разработка и издание инструкций, положений, планов и расписаний по вопросам, касающимся выполнения задач и функций отдела в пределах полномочий Управления.
3.28. По поручению ГТК России приемка (приобретение) таможенных судов, их оружия и технических средств совместно с Постоянной комиссией Государственной приемки кораблей Военно-Морского Флота.
3.29. Подготовка и представление в УТО и ГУТО материалов с обоснованием на списание судов, их оружия и технических средств.