2.1. Использование таможенных судов для обеспечения экономической безопасности и защиты экономических интересов Российской Федерации в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в пределах региона деятельности Управления.
2.2. Контроль таможенной границы в части выполнения таможенных правил участниками внешнеэкономической деятельности.
2.3. Поддержание установленного таможенного режима в исключительной экономической зоне, территориальных и внутренних водах, на пограничных реках и озерах в пределах региона деятельности Управления.
2.4. Борьба с контрабандой и иными преступлениями в сфере таможенного дела.
2.5. Поддержание морских и речных таможенных судов и экипажей в установленной боевой готовности к выполнению поставленных задач.
2.6. Управление, планирование и организация деятельности морских подразделений, таможенных судов и морских специалистов.
2.7. Организация и контроль боевой подготовки морских подразделений, таможенных судов и морских специалистов.
2.8. Организация и контроль эксплуатации, ремонта таможенных судов, обеспечение функционирования объектов инфраструктуры их базирования.
2.9. Организация и контроль материально-технического обеспечения деятельности таможенных судов.