Формы, методы и механизм реализации и управления Программой определяются Главным управлением ГОЧС г.Москвы, выступающим в роли городского инвестора Правительства Москвы. Для организации работы по выполнению Программы, подготовки и согласования необходимых изменений и дополнений, предлагаемых для внесения в Программу, создается рабочая группа из числа специалистов Главного управления ГОЧС г.Москвы и Московской городской поисково-спасательной службы.
Ежегодно при подготовке проекта бюджета города Москвы Главное управление ГОЧС г.Москвы направляет на согласование свои предложения в Департамент экономической политики и развития г.Москвы, Департамент финансов и Департамент внешних связей по финансированию конкретных объектов и мероприятий. Согласованные объекты и мероприятия включаются в проект бюджета города Москвы.