Основными задачами Управления являются:
2.1. Организация контроля за реализацией управленческих решений руководства ГТК России.
2.2. Координация оперативного взаимодействия подразделений ГТК России и деятельности таможенных органов.
2.3. Организация комплексных, целевых и служебных проверок таможенных органов.
2.4. Кураторская работа в региональных таможенных управлениях и таможнях, непосредственно подчиненных ГТК России.
2.5. Организация и разработка во взаимодействии со структурными подразделениями ГТК России планов работы ГТК России и его коллегии. оперативных совещаний, проводимых председателем ГТК России.
2.6. Организация методической работы в организационно-инспекторских отделах (группах) таможенных органов.