Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство экономики Российской Федерации, государственными заказчиками по отдельным проектам Программы Министерство здравоохранения Российской Федерации, Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, Министерство обороны Российской Федерации.
К участию в Программе привлекаются федеральные органы исполнительной власти и органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, специализированные научные и научно-производственные организации и промышленные предприятия различных форм собственности.
Механизм реализации Программы определяется Министерством экономики Российской Федерации. При этом все проекты в рамках Программы реализуются на конкурсной основе и в соответствии с Типовым положением о порядке размещения заказов на выполнение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ прикладного характера для государственных нужд путем проведения торгов (конкурса) и иных способов закупки и порядке заключения государственных контрактов, утвержденным приказом Министерства науки и технологий Российской Федерации, Министерства экономики Российской Федерации и Министерства финансов Российской Федерации от 17 октября 1997 года N 94/130/74н.
Государственные заказчики Программы открывают финансирование проектов Программы за счет средств федерального бюджета в соответствии с объемами бюджетного финансирования, предусмотренными на реализацию Программы на соответствующий год, после заключения государственных контрактов (договоров) с исполнителями проектов Программы.
По мероприятиям, предусматривающим финансирование проектов Программы с использованием внебюджетных источников, государственные заказчики Программы подписывают с предприятиями и организациями соответствующие соглашения (договоры) о намерениях.
Проекты капитального строительства должны пройти государственную экологическую экспертизу.