Государственным заказчиком Программы является Министерство промышленности и торговли Российской Федерации. Финансирование Программы осуществляется за счет средств федерального бюджета, а также за счет международной финансовой и технической помощи путем включения ее мероприятий в государственный оборонный заказ. Государственный заказчик Программы с учетом средств, выделяемых на реализацию Программы из различных источников финансирования, и предварительных результатов ее выполнения уточняет мероприятия Программы, промежуточные сроки их реализации и объемы финансирования. Конкретные исполнители программных мероприятий определяются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации. Выполнение мероприятий Программы организациями осуществляется посредством заключения государственных контрактов между государственным заказчиком Программы и исполнителями.
Управление реализацией Программы и контроль за ее выполнением осуществляются в соответствии с порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 года N 594 "О реализации Федерального закона "О поставках продукции для федеральных государственных нужд".
Текущее управление реализацией Программы и обеспечение эффективного использования средств, выделяемых на выполнение Программы, осуществляет государственный заказчик - Министерство промышленности и торговли Российской Федерации.
При реализации государственной политики Российской Федерации в области химического разоружения взаимодействие федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органов местного самоуправления обеспечивает Государственная комиссия по химическому разоружению.