5.1. В порядке, установленном действующим законодательством, Главное управление осуществляет взаимодействие по вопросам исполнения уголовных наказаний, содержания под стражей подозреваемых и обвиняемых с соответствующими структурными подразделениями Министерства внутренних дел Российской Федерации.
5.2. Представляет по поручению руководства Министерства юстиции Российской Федерации интересы Минюста России при рассмотрении вопросов исполнения уголовных наказаний, содержания под стражей подозреваемых и обвиняемых в органах государственной власти Российской Федерации.
5.3. Осуществляет взаимодействие по вопросам деятельности УИС с соответствующими подразделениями Генеральной прокуратуры Российской Федерации, МВД России, Минфина России, Минэкономики России, Минтруда России, других федеральных органов исполнительной власти, а также со средствами массовой информации, общественными и религиозными организациями (объединениями).
5.4. Проводит работу по укреплению сотрудничества с соответствующими органами и учреждениями зарубежных стран, а также с межгосударственными организациями в целях совершенствования деятельности УИС.