Для реализации возложенных функций Тыловая таможня обладает правами, предусмотренными законодательством Российской Федерации, нормативными актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативными актами ГТК России, Управления, включая права:
4.1. Издавать в пределах своей компетенции ненормативные правовые акты.
4.2. Контролировать и координировать деятельность таможенных органов региона по укреплению и развитию материально-технической и социальной базы, капитальному строительству, реконструкции, капитальному и текущему ремонту, эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры, развитию ведомственной сети связи и передачи данных, комплексному социальному развитию, материально-бытовому, вещевому, пенсионному, медицинскому и жилищному обеспечению сотрудников и членов их семей, другим направлениям работы по тыловому обеспечению.
4.3. Вносить в Управление и ГТК России предложения по вопросам деятельности тыловой службы региона.
4.4. Получать от таможенных органов региона, предприятий, учреждений и организаций системы ГТК России документы и информацию, необходимые для выполнения возложенных на нее задач. Обобщать, анализировать, вырабатывать меры по совершенствованию и повышению эффективности работы таможенных органов по вопросам, относящимся к компетенции Тыловой таможни.
4.5. Осуществлять по согласованию с Управлением и в пределах выделенных ассигнований приобретение материально-технических ресурсов.
4.6. Заключать в пределах своей компетенции с организациями и гражданами договоры, связанные с деятельностью Тыловой таможни.
4.7. Реализовывать по согласованию с Управлением и ГТК России неиспользованные материально-технические ресурсы и неликвидное имущество, находящиеся на складах материально-технического обеспечения, а также на балансе таможенных органов региона, предприятий, учреждений и организаций системы ГТК России.
4.8. Вносить с согласия Управления в РТУ ТО изменения в планы снабжения материально-техническими ресурсами таможенных органов, находящихся в регионе.
4.9. Осуществлять по согласованию с Управлением и в пределах выделенных ассигнований финансирование проектно-изыскательских работ, строительства и реконструкции объектов таможенной инфраструктуры, в том числе утверждать проектно-сметную документацию объектов строительства в пределах своей компетенции.
4.10. В соответствии с заданиями Управления и ГТК России самостоятельно планировать и осуществлять финансово-хозяйственную деятельность таможни.