Структура управления реализацией Программы включает три уровня:
управление выполнением основных мероприятий Программы в целом, координация и научно-методическое руководство;
координация реализации входящих в состав Программы проектов, согласование с сопряженными аналогичными федеральными программами;
управление выполнением проектов как основного звена Программы, согласование с сопряженными проектами.
Управление реализацией Программы осуществляют заказчик, определяющий требования к содержанию Программы и проектов, оказывающий содействие в ресурсном обеспечении и контролирующий ход их выполнения, и научный руководитель, который несет ответственность за содержание и научно-технический уровень Программы и проектов.
Государственный заказчик Программы - Министерство здравоохранения Российской Федерации совместно с Российской академией медицинских наук создает дирекцию по реализации Программы. Непосредственное руководство дирекцией возлагается на заместителя Министра здравоохранения Российской Федерации.
Заместитель Министра здравоохранения осуществляет координацию и контроль деятельности по выполнению Программы, определяет источники финансирования, координирует деятельность исполнителей.
Научным руководителем Программы является вице-президент Российской академии медицинских наук, который обеспечивает разработку концепции Программы, ее структуры, методических документов, координирует деятельность научных руководителей по подпрограммам, организует подготовку научно-практических конференций и научных совещаний по тематике Программы.
Министерство здравоохранения Российской Федерации и Российская академия медицинских наук ежегодно в установленном порядке направляют информацию о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство науки и технологий Российской Федерации.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляется в соответствии с Порядком разработки и реализации федеральных целевых программ и межгосударственных целевых программ, в осуществлении которых участвует Российская Федерация.