Программа реализуется за счет средств федерального бюджета и внебюджетных источников. В качестве внебюджетных источников предусмотрены собственные средства федерального государственного унитарного предприятия - Института хирургии высоких технологий.
Объем финансирования организационных мероприятий, связанных с созданием Института хирургии высоких технологий, подготовкой кадров, информационным и научным обеспечением Программы, составит 3107,66 млн. рублей, в том числе 3105,86 рублей за счет средств федерального бюджета и 1,8 млн. рублей за счет внебюджетных источников.
В 1999 году финансирование программных мероприятий предусмотрено в объеме 835,95 млн. рублей за счет средств федерального бюджета.
Финансовые средства на реализацию Программы ежегодно уточняются в установленном порядке.