Реализация Программы будет осуществляться в 1999-2007 годах в два этапа.
На первом этапе (1999-2001 годы) предусматривается создание Института хирургии высоких технологий - головного учреждения по проблеме; развитие и укрепление материально-технической базы научных и практических учреждений здравоохранения, подготовка медицинского и технического персонала, научная разработка новых медицинских технологий и их стандартизация, разработка основных мероприятий по информационному обеспечению учреждений, участвующих в реализации Программы.
На втором этапе (2002-2007 годы) планируется реализация мероприятий по внедрению высоких медицинских технологий в лечебно-профилактических учреждениях, расположенных в субъектах Российской Федерации, их дооснащение современным медицинским оборудованием, в том числе телекоммуникационными системами.