Текущее управление и контроль за реализацией Программы осуществляется дирекцией, формируемой государственным заказчиком Министерством здравоохранения Российской Федерации и возглавляемой заместителем Министра здравоохранения Российской Федерации.
Государственный заказчик Программы с учетом выделенных на ее реализацию бюджетных средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты на программные мероприятия.
При необходимости государственный заказчик вносит в установленном порядке предложения об изменении или продлении сроков реализации отдельных программных мероприятий.
Контроль ведется на основании государственной статистической отчетности, заключенных договоров (контрактов, соглашений) и включает:
периодическую отчетность исполнителей о реализации программных мероприятий;
контроль за целевым и эффективным использованием выделяемых средств;
контроль за соблюдением сроков и качеством выполнения договоров, (контрактов, соглашений), объемов запланированных работ.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им средств и выполнении программных мероприятий в соответствии с порядком, установленным государственным заказчиком.
Дирекция Программы проводит анализ, обобщение информации о ходе выполнения программных мероприятий и ежеквартально направляет в Министерство экономики Российской Федерации статистическую, справочную и аналитическую информацию.
Кроме того, ежегодно, до 1 февраля, государственный заказчик направляет в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и Министерство науки и технологий Российской Федерации доклады о ходе работ по Программе и эффективности использования финансовых средств.