Контроль за реализацией Программы осуществляет Министерство труда и социального развития Российской Федерации совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и с участием органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и профессиональных союзов. В качестве инструмента контроля за ходом исполнения Программы будет использоваться заключение межведомственных соглашений и реализация Генерального соглашения между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и Правительством Российской Федерации на 1998-1999 годы, мониторинг разработки и выполнения региональных целевых программ содействия занятости населения, подготовка ежегодных отчетов о реализации Программы.