Управление Программой основывается на принципах проектного планирования и скоординированного взаимодействия участников Программы на всех этапах подготовки проекта, начиная от проведения научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ и кончая реализацией конечной продукции.
Комплексность и сложность решаемых в Программе задач, большое количество участников работ, длительный срок реализации проектов требуют:
создания комплексного организационно-экономического механизма реализации Программы и разработки соответствующих инвестиционных проектов и бизнес-планов первоочередных объектов;
формирования организационных структур Программы в целях привлечения и эффективного использования финансовых ресурсов;
периодической актуализации Программы, разработки ее версий по итогам выполнения работ, а также решения проблем стратегического развития атомной энергетики.
Перечисленные работы должны осуществляться в условиях совершенствования управления атомной энергетикой в рамках проводимых в стране экономических реформ и структурной перестройки.