Текущее управление и координацию реализации Программы осуществляет дирекция Программы, создаваемая государственными заказчиками - Министерством экономики Российской Федерации и Министерством здравоохранения Российской Федерации, которые осуществляют непосредственный контроль за ее реализацией.
Дирекция Программы с учетом выделяемых на ее реализацию бюджетных средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты на программные мероприятия.
При необходимости дирекция Программы вносит в установленном порядке предложения об изменении или продлении сроков реализации отдельных программных мероприятий.
Контроль ведется на основе государственной статистической отчетности, договоров, контрактов, соглашений и включает:
периодическую отчетность исполнителей программных мероприятий;
контроль за целевым и эффективным использованием выделяемых средств;
контроль за соблюдением сроков выполнения договоров, контрактов и соглашений;
контроль за сроками и качеством выполнения программных мероприятий.
Исполнители отчитываются об использовании выделенных им средств и о выполнении программных мероприятий в соответствии с порядком, установленным государственными заказчиками.
Для обеспечения научного руководства Программой Министерством экономики Российской Федерации и Министерством здравоохранения Российской Федерации намечается создание межотраслевого экспертного совета при дирекции Программы с привлечением ведущих специалистов заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, а также предприятий и научно-исследовательских институтов.
Экспертный совет проводит анализ и обобщение информации о ходе выполнения программных работ и направляет ежеквартально дирекции Программы статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации Программы, а также ежегодно, до 1 апреля, готовит доклад о ходе работ по Программе, эффективности использования финансовых средств и предложения по корректировке Программы.