Основными задачами отдела являются:
2.1. Организация, координация и проведение комплекса лечебно-профилактических, противоэпидемических и санитарно-гигиенических мероприятий, осуществляемых для сохранения и укрепления здоровья сотрудников таможенных органов в регионе деятельности управления.
2.2. Реализация в пределах своей компетенции в регионе деятельности управления заключенных договоров медицинского страхования сотрудников таможенных органов.
2.3. Организация санаторно-курортного лечения и оздоровительного отдыха сотрудников таможенных органов в регионе деятельности управления.