Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство природных ресурсов Российской Федерации, государственными заказчиками по территориальным подпрограммам органы исполнительной власти соответствующих субъектов Российской Федерации. По отдельным направлениям работ и объектам федерального значения государственными заказчиками являются: Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации (экологически безопасное развитие сельского хозяйства, повышение рыбопродуктивности водоемов), Министерство здравоохранения Российской Федерации (мониторинг здоровья населения), Федеральная служба лесного хозяйства России (восстановление и предотвращение деградации лесов), Государственный комитет Российской Федерации по охране окружающей среды (экологическое образование, воспитание и информация населения).
Министерство природных ресурсов Российской Федерации в случае необходимости может передавать на договорной основе часть функций государственного заказчика другим федеральным органам исполнительной власти.
Для текущего управления реализацией Программы в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 8 июня 1996 г. N 893-р создана дирекция федеральной целевой программы "Возрождение Волги" с размещением ее в г. Нижний Новгород.
Наряду с государственными органами управления Программой формируется общественный координационный орган Волжский бассейновый совет, на который возлагается формирование Волжского бассейнового соглашения как формы реализации Программы.
Долгосрочные и среднесрочные бассейновые соглашения являются официальными документами, в соответствии с которыми участники соглашения принимают на себя взаимосогласованные обязательства в части водохозяйственной и водоохранной деятельности и определяют механизм реализации достигнутых договоренностей.
В целях консолидации внебюджетных источников финансирования в субъектах Российской Федерации могут создаваться в установленном порядке целевые фонды для реализации мероприятий Программы.
Научно-методическое сопровождение реализации Программы будет осуществлять межведомственный Научный совет федеральной целевой программы "Возрождение Волги".
Министерство экономики Российской Федерации с участием Министерства финансов Российской Федерации и государственных заказчиков периодически осуществляет экспертные проверки хода реализации Программы.
Государственные заказчики представляют в установленном порядке статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации Программы в Министерство экономики Российской Федерации, а также в Министерство природных ресурсов Российской Федерации.
Государственный комитет Российской Федерации по статистике организует совместно с государственными заказчиками ведение ежеквартальной статистической отчетности по реализации Программы.
Государственные заказчики сотрудничают с ассоциациями экономического взаимодействия "Центральная Россия", "Северо-Запад", "Уральский регион" и "Большая Волга".