Конкретные мероприятия Программы определяются в региональных целевых программах и проектах, утверждаемых органами исполнительной власти соответствующих субъектов Российской Федерации по согласованию с государственным заказчиком-координатором и другими заинтересованными федеральными органами исполнительной власти.
Механизм реализации Программы предусматривает использование всех рычагов экономической политики: кредитно-денежного механизма, государственной контрактной системы, антимонопольного законодательства.
Для получения ассигнований из федерального бюджета государственный заказчик - координатор Программы ежегодно подготавливает и вносит в Министерство экономики Российской Федерации в установленном порядке сводную бюджетную заявку (в региональном разрезе) с указанием перечня конкретных объектов строительства, имеющих положительные заключения государственной экологической экспертизы, и обоснованием необходимых государственных инвестиций, в Министерство науки и технологий Российской Федерации - бюджетную заявку на проведение НИОКР, в Министерство финансов Российской Федерации - бюджетную заявку на проведение мероприятий, финансируемых за счет текущих расходов. В этих заявках отражаются результаты предконтрактного отбора исполнителей работ с указанием ассигнований за счет бюджетов соответствующих субъектов Российской Федерации и внебюджетных источников.
Для подтверждения возможности выделения средств из внебюджетных источников между государственным заказчиком и исполнителями программных мероприятий заключаются соответствующие соглашения о намерениях.
Реализация Программы осуществляется с применением системы государственных контрактов (договоров) на закупку и поставку продукции для федеральных государственных нужд, заключаемых государственными заказчиками со всеми исполнителями Программы. Отбор исполнителей Программы независимо от формы собственности организаций осуществляется государственными заказчиками на конкурсной основе.
В ходе реализации Программы намечается содействовать расширению участия банков и экологических фондов, компаний экологического страхования, лицензионно-сертификационных центров, других коммерческих и некоммерческих организаций в осуществлении программных мероприятий.
В целях обеспечения экологической безопасности реализуются такие механизмы охраны окружающей среды, которые не позволят получать дополнительную прибыль за счет экономии на природоохранных затратах. Основу системы экономического стимулирования рационального природопользования в перспективе составят: применение дотаций и надбавок на экологически безопасную продукцию, установление повышенных норм амортизации основных производственных природоохранных фондов, совершенствование механизмов кредитования предприятий и организаций для осуществления мер по гарантированному снижению сбросов и выбросов загрязняющих веществ в окружающую среду. Предусматривается использовать и другие рыночные механизмы регулирования техногенного воздействия на окружающую среду, в том числе установление ограничений на загрязнение не для отдельного, а для группы предприятий-загрязнителей с правом самостоятельного перераспределения квот в пределах установленного лимита.
Система информационного обеспечения реализации Программы предусматривает ведение базы данных о ходе реализации программ всех уровней, осуществляемых на территории Волжского бассейна.
Аналогичный механизм реализации Программы будет действовать и на территориях соответствующих субъектов Российской Федерации.