Формы и методы управления реализацией Программы определяются государственными заказчиками. Текущее управление осуществляется дирекцией Программы, формируемой государственным заказчиком-координатором и возглавляемой одним из заместителей руководителя федерального органа исполнительной власти, ответственного за выполнение Программы. Государственный заказчик-координатор с учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации Программы, состав исполнителей.
Программа предусматривает завершение создания на территории Российской Федерации системы постоянно действующих учебных центров. В нее войдут учебные центры системы Министерства обороны Российской Федерации, Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации, Министерства труда и социального развития Российской Федерации и Министерства внутренних дел Российской Федерации, а также отобранные на конкурсной основе действующие учебные центры других федеральных органов исполнительной власти и негосударственных организаций, в которых будут созданы структуры по обеспечению занятости лиц, прошедших обучение. Учебный центр - участник Программы получает статус головного регионального учебного центра. Головной региональный учебный центр может привлекать в установленном порядке к реализации программных мероприятий другие учебные центры либо создавать свои филиалы там, где это необходимо.
Головные региональные учебные центры осуществляют:
взаимодействие с командованием воинских частей и соединений, военными комиссариатами, представителями органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления, а также с руководством предприятий, организаций и учреждений различной формы собственности в целях получения информации в интересах переподготовки военнослужащих и других лиц и обеспечения их занятости;
заключение при необходимости договоров с образовательными учреждениями профессионального образования и органами государственной службы занятости населения в целях оказания военнослужащим, подлежащим увольнению или уволенным в запас, услуг по переподготовке и трудоустройству;
содействие трудоустройству лиц, прошедших обучение.