Для реализации возложенных функций Представительство имеет право:
4.1. Вносить в Государственный таможенный комитет Российской Федерации и Государственную таможенную инспекцию при Правительстве Киргизской Республики предложения, направленные на обеспечение единства управления таможенными службами Российской Федерации и Киргизской Республики, а также на совершенствование своей деятельности.
4.2. Принимать решения по вопросам, входящим в компетенцию Представительства.
4.3. Взаимодействовать в пределах своей компетенции с государственными органами Киргизской Республики.
4.4. Рассматривать и принимать решения по обращениям организаций и граждан по вопросам, входящим в компетенцию Представительства.
4.5. Издавать в пределах своей компетенции правовые акты.
4.6. Представлять Государственный таможенный комитет Российской Федерации в государственных органах Киргизской Республики.
4.7. Заключать в пределах своей компетенции и выделенных на эти цели ассигнований с организациями и гражданами Киргизской Республики договоры, связанные с хозяйственной деятельностью Представительства.