Представительство в соответствии с возложенными на него задачами выполняет следующие основные функции:
3.1. Разрабатывает предложения по реализации правового, экономического и организационного механизмов выполнения соглашений в области таможенного дела, заключенных между Российской Федерацией и Киргизской Республикой, а также подготавливает предложения по их совершенствованию.
3.2. Осуществляет наблюдение за реализацией соглашений в области таможенного дела, заключенных между Российской Федерацией и Киргизской Республикой; информирует Государственный таможенный комитет Российской Федерации о ходе реализации таких соглашений. Доводит до сведения Государственной таможенной инспекции при Правительстве Киргизской Республики позицию Государственного таможенного комитета Российской Федерации по данному вопросу.
3.3. Согласовывает решения Государственной таможенной инспекции при Правительстве Киргизской Республики, направленные на реализацию соглашений в области таможенного дела, заключенных между Российской Федерацией и Киргизской Республикой, в том числе и на повышение эффективности таможенного контроля, развития таможенной инфраструктуры в Киргизской Республике, а также участвует совместно с Государственной таможенной инспекцией при Правительстве Киргизской Республики в их реализации.
3.4. Организует по поручению Государственного таможенного комитета Российской Федерации и обеспечивает взаимодействие таможенных служб Российской Федерации и Киргизской Республики по внедрению новых прогрессивных форм проведения таможенного контроля за перемещением товаров и транспортных средств.
3.5. Участвует совместно с таможенными органами Киргизской Республики в реализации мер, направленных на пресечение незаконного оборота наркотических средств, психотропных, сильнодействующих, ядовитых и взрывчатых веществ, оружия, культурных ценностей через внешнюю границу Таможенного союза в пределах Киргизской Республики, а также по пресечению правонарушений, затрагивающих экономическую и общественную безопасность, жизнь и здоровье людей.
3.6. Разрабатывает предложения и вносит рекомендации в Государственную таможенную инспекцию при Правительстве Киргизской Республики и Государственный таможенный комитет Российской Федерации по вопросам унификации законодательства в сфере таможенного дела.
3.7. Организует обмен информацией между Государственным таможенным комитетом Российской Федерации и Государственной таможенной инспекцией при Правительстве Киргизской Республики по вопросам таможенного дела.
3.8. Согласовывает направление сотрудников таможенной службы Киргизской Республики в учебные заведения, входящие в систему Государственного таможенного комитета Российской Федерации.
3.9. Согласовывает вопросы материально-технического оснащения таможенной службы Киргизской Республики.
3.10. Обеспечивает правовую и социальную защищенность сотрудников Представительства.
3.11. Участвует в контроле за поступлением таможенных платежей, а также контролирует соблюдение порядка взаимного зачисления таможенных пошлин, налогов и сборов.
3.12. Открывает по согласованию с Государственным таможенным комитетом Российской Федерации счета в банках и иных кредитных учреждениях Киргизской Республики.
3.13. Осуществляет в пределах выделенных Государственным таможенным комитетом Российской Федерации ассигнований финансирование и материально-техническое обеспечение Представительства, обеспечивает целевое и рациональное использование средств.
3.14. Осуществляет планирование расходов на содержание и развитие Представительства, согласовывает и представляет на утверждение в Государственный таможенный комитет Российской Федерации смету расходов на содержание и развитие Представительства.
3.15. Осуществляет бухгалтерский учет и отчетность, представляет в Государственный таможенный комитет Российской Федерации отчет по смете расходов на содержание Представительства.
3.16. Выполняет иные функции в соответствии с договоренностями руководителей Государственного таможенного комитета Российской Федерации и Государственной таможенной инспекции при Правительстве Киргизской Республики.