Основными задачами Представительства являются:
2.1. Разработка и реализация в пределах своей компетенции мер, направленных на формирование и укрепление Таможенного союза между Российской Федерацией и Киргизской Республикой.
2.2. Обеспечение реализации Соглашения между Российской Федерацией и Киргизской Республикой о единстве управления таможенными службами.
2.3. Разработка и реализация в пределах своей компетенции мер, направленных на обеспечение единства управления таможенными службами Российской Федерации и Киргизской Республики в рамках Таможенного союза.