Органы государственной безопасности в Вооруженных Силах Российской Федерации и иных воинских формированиях (военная контрразведка) находятся в прямом подчинении Министерства безопасности Российской Федерации и решают возложенные на них задачи в Вооруженных Силах Российской Федерации, пограничных и внутренних войсках, а также в иных воинских формированиях, предусмотренных законами Российской Федерации.
Структура и организация деятельности военной контрразведки определяются положением, утвержденным Президентом Российской Федерации.