Экономическая эффективность и окупаемость Программы оцениваются исходя из показателей эффективности курортного лечения: сокращение количества дней временной нетрудоспособности в 2,3 - 3 раза; уменьшение потребности в госпитализации в 2,4 раза; сокращение расходов на лечение больных в поликлиниках и стационарах в 2,6 - 3 раза; уменьшение выплаты пособий по временной нетрудоспособности в 1,8 - 2,6 раза; снижение ущерба производству в связи с заболеваемостью рабочих и служащих в 2 - 3 раза.
В результате реализации Программы значительно улучшится экологическая обстановка на курортных территориях и в окружающих их районах, что, в свою очередь, послужит оздоровлению постоянно проживающего в этих местах населения. Осуществление мероприятий обеспечит экономическую стабильность и увеличит прибыльность всего санаторно-курортного комплекса, что приведет к росту налоговых поступлений в бюджеты всех уровней. Реализация Программы позволит сохранить и рационально использовать ценнейшие природные лечебные ресурсы России.