Управление Программой построено по иерархическому принципу. Оперативное руководство, координацию и контроль за исполнением Программы осуществляет государственный заказчик Программы Министерство экономики Российской Федерации (Департамент машиностроения и Департамент структурной и инновационной политики).
Генеральным подрядчиком по реализации заданий, предусмотренных Программой, определена государственным заказчиком Ассоциация центров инжиниринга и автоматизации с возложением на нее функций Дирекции Программы. Дирекция организует выполнение работ по Программе и обеспечивает функционирование инжиниринговой сети и ее центров. В целях рационального использования средств, выделяемых на Программу, и достижения высокого качества исполнения Дирекция организует тендер заказных проектов среди потенциальных исполнителей, используя для этого создаваемый по согласованию с государственным заказчиком Экспертный совет Программы.
Решение о создании регионального (отраслевого) инжинирингового центра принимается Дирекцией Программы совместно с администрацией региона (отрасли, предприятия) и закрепляется совместным приказом и другими учредительными документами. Организационное, финансовое и правовое взаимодействие Дирекции Программы с каждым участником Программы определяется контрактом. Взаимодействие с контрагентами, юридическими и физическими лицами регламентируется договорами установленной формы.
Для контроля за ходом выполнения Программы будут использованы машинно-ориентированные документы, которые позволяют фиксировать завершение работы с регистрацией плановых и учетных значений в реальном времени.
В целом инжинирингсеть России строится как открытая система, организационное и количественное наполнение которой будет продолжаться и за рамками 1998 года.