Государственное управление в области использования и охраны водных объектов основывается на принципах:
устойчивого развития (сбалансированного развития экономики и улучшения состояния окружающей природной среды);
сочетания рационального использования и охраны всего бассейна водного объекта и его части в границах территорий отдельных субъектов Российской Федерации (сочетание бассейнового и административно-территориального принципов);
разграничения функций управления в области использования и охраны водных объектов и функций их хозяйственного использования.