Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются государственным заказчиком.
Государственный комитет Российской Федерации по оборонным отраслям промышленности ежегодно до 1 февраля представляет доклады о ходе работ по Программе и эффективности использования бюджетных и других средств в Министерство экономики Российской Федерации, Министерство финансов Российской Федерации и в Министерство науки и технической политики Российской Федерации - в части выполнения плана НИОКР.