Базовая таможня имеет право:
4.1. Вносить в управление и ГТК России предложения по вопросам своей деятельности.
4.2. Получать от таможенных органов, находящихся в регионе, предприятий, учреждений и организаций системы ГТК России документы и информацию, необходимые для выполнения возложенных на нее задач.
4.3. Вносить в управление и ГТК России предложения по финансированию приоритетных направлений, входящих в компетенцию базовой таможни.
4.4. Реализовывать по согласованию с ГТК России неиспользованные материально-технические ресурсы и неликвидное имущество, находящиеся на складах материально-технического обеспечения, а также на балансе таможенных органов, находящихся в регионе, предприятий, учреждений и организаций системы ГТК России.
4.5. Вносить с согласия управления изменения в планы снабжения материально-техническими ресурсами таможенных органов, находящихся в регионе, предприятий, учреждений и организаций системы ГТК России.
4.6. Заключать в пределах своей компетенции договоры с предприятиями, учреждениями и организациями, связанные с деятельностью Базовой таможни.
4.7. Осуществлять по согласованию с управлением и в пределах выделенных ассигнований финансирование проектно-изыскательских работ, строительства и реконструкции объектов таможенной инфраструктуры, социально-бытового и культурного назначения, в том числе утверждать проектно-сметную документацию объектов строительства в пределах своей компетенции.
4.8. В соответствии с заданиями управления и ГТК России самостоятельно планировать и осуществлять финансово-хозяйственную деятельность.