2.1. Проведение анализа состояния здоровья трудящихся, влияния вредных и неблагоприятных производственных факторов и разработка научно-обоснованных рекомендаций по оздоровлению работающих.
2.2. Разработка мер по медицинской и социальной реабилитации больных профзаболеваниями и инвалидов труда.
2.3. Анализ деятельности профпатологической службы Федерации и общей лечебной сети по вопросам оказания медицинской помощи работающим, профилактике профессиональных отравлений, заболеваний и инвалидности.
2.4. Проведение в наиболее сложных и конфликтных ситуациях экспертизы связи заболевания с профессией и представление подробных материалов на заключение Федерального экспертного совета.
2.5. Заключение Федерального центра профпатологии действительно на всей территории Российской Федерации и может быть пересмотрено только Федеральным экспертным советом.