Счетная палата строит свою работу на основе годовых и текущих планов и программ, которые формируются исходя из необходимости обеспечения всестороннего системного контроля за исполнением федерального бюджета с учетом всех видов и направлений деятельности Счетной палаты.
Планирование осуществляется на основе разрабатываемых Счетной палатой для этих целей технико-экономических норм и нормативов контрольных и ревизионных стандартов, методических указаний. Обязательному включению в планы и программы работы Счетной палаты подлежат поручения Совета Федерации и Государственной Думы, обращения не менее одной пятой от общего числа депутатов (членов) Совета Федерации или депутатов Государственной Думы.
Обязательному рассмотрению при формировании планов и программ работы Счетной палаты подлежат запросы Президента Российской Федерации, комитетов и комиссий палат Федерального Собрания Российской Федерации, депутатов (членов) Совета Федерации и депутатов Государственной Думы, Правительства Российской Федерации, органов государственной власти субъектов Российской Федерации.
Проект годового плана рассматривается и утверждается Коллегией Счетной палаты.
Внеплановые контрольные мероприятия проводятся на основании постановлений Совета Федерации и Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации, по обращению не менее одной пятой от общего числа депутатов (членов) Совета Федерации и депутатов Государственной Думы или на основании решения Коллегии Счетной палаты.