В основу совершенствования системы управления агропромышленным комплексом в условиях рыночной экономики заложены следующие принципы:
управление агропромышленным комплексом и регулирование его развития осуществляется как единым целым;
соблюдение положений Федеративного договора во взаимоотношениях между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации;
управление государственным имуществом предприятий и организаций, утверждение уставов этих предприятий, заключение контрактов с их руководителями;
государственное обеспечение деятельности сельскохозяйственных инспекций по заготовкам и качеству продукции, семян и посадочного материала, защите и карантину растений, ветеринарии, племенному делу, химизации, техническому надзору за состоянием самоходных машин и оборудования, охране труда и технике безопасности.
Ведущим федеральным органом исполнительной власти в агропромышленном комплексе является Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации, на которое возлагаются функции управления агропромышленным комплексом и ответственность совместно с другими федеральными органами управления агропромышленного комплекса за проведение государственной политики по его развитию.
Государственное управление агропромышленным комплексом в республиках, краях и областях Российской Федерации осуществляется министерствами сельского хозяйства республик, управлениями (департаментами) сельского хозяйства краев, областей и автономных образований, комитетами (департаментами) продовольствия городов Москвы и Санкт-Петербурга, районными управлениями (отделами) сельского хозяйства.
Сельскохозяйственные товаропроизводители и предприятия перерабатывающих и обслуживающих отраслей создают на добровольных началах кооперативные и акционерные агропромышленные объединения, фирмы, комбинаты, а также концерны, корпорации и другие формирования, функционирующие на принципах хозяйственного самоуправления. Эти органы могут во взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации координировать деятельность хозяйств и предприятий-учредителей, представлять и защищать их интересы.