До настоящего времени не решен ряд научных вопросов, связанных с организацией и проведением вакцинопрофилактики.
Программа предусматривает проведение прикладных исследований, направленных на решение проблем оперативного характера, имея в виду социально-эпидемиологические исследования с целью выяснения причин низкого уровня охвата детей прививками, разработку и оценку различных видов холодильного оборудования для транспортировки и хранения вакцин, совершенствование методов вакцинации детей групп риска, систематическое изучение результатов мониторинга и состояния реализации различных компонентов программы.
Научное исследование по совершенствованию существующих и разработке новых вакцин будет проводиться в рамках Государственной научно-технической программы "Национальные приоритеты в медицине и здравоохранении".
Решение комплекса научных задач позволит получить и внедрить в практику здравоохранения усовершенствованные и новые профилактические вакцинные препараты, оптимизировать способы и методику их применения, тактику вакцинопрофилактики, что значительно повысит эффективность всей системы противоэпидемических мероприятий.