Государственным заказчиком и основным исполнителем программы является Государственный комитет санитарно-эпидемиологического надзора Российской Федерации.
Соисполнители программы:
Минстерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации;
Министерство путей сообщения Российской Федерации;
Министерство обороны Российской Федерации;
Министерство здравоохранения и медицинской промышленности Российской Федерации;
Государственный таможенный комитет Российской Федерации;
Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий;
Министерство транспорта Российской Федерации;
Федеральная миграционная служба России;
Министерство экономики Российской Федерации;
Министерство финансов Российской Федерации;
Федеральная пограничная служба - Главное командование Пограничных войск Российской Федерации.
Основные направления и положения программы ежегодно уточняются и конкретизируются исходя из прогнозов развития международных связей, санитарно-эпидемиологической , ветеринарной и фитосанитарной обстановки на территории Российской Федерации и на территориях зарубежных государств.
Разработано технико-экономическое обоснование мероприятий программы согласно приложению.