Основной целью программы является обеспечение охраны территории Российской Федерации от завоза и распространения особо опасных инфекционных заболеваний людей, животных и растений, а также токсичных веществ, промышленных отходов и других потенциально опасных грузов, которые могут оказывать вредное воздействие на здоровье населения, ухудшать санитарно-эпидемиологическую, ветеринарную, фитосанитарную и экологическую обстановку.
Для достижения поставленной цели предусмотрена реализация следующих задач:
совершенствование системы организации государственного санитарно-эпидемиологического, ветеринарного и фитосанитарного надзора и контроля на государственной границе Российской Федерации;
научное и кадровое обеспечение государственных служб контроля;
создание межведомственной автоматизированной информационной системы контроля (АИС "Санохрана") за поступлениями из-за рубежа;
приборное и материально-техническое развитие государственных служб контроля;
международное сотрудничество.