Основными функциями комиссии являются:
1. Разработка плана и программ лицензирования и аккредитации.
2. Формирование групп экспертов.
3. Осуществление лицензирования и аккредитации медицинских учреждений.
4. Проведение анализа деятельности по лицензированию и аккредитации медицинских учреждений.
5. Проведение консультаций по вопросам лицензирования и аккредитации.
6. Участие в разработке медико-экономических стандартов и осуществляет контроль за их выполнением.