Основными функциями комиссии являются:
1. Методическое руководство, консультирование, координация и анализ деятельности республиканских (в т.ч. республик, входящих в состав Российской Федерации), краевых, областных, городских (г. Москва и Санкт-Петербург) комиссий по лицензированию и аккредитации медицинских учреждений.
2. Осуществление арбитражных функций, организация и проведение экспертной оценки процедуры и результатов лицензирования медицинских учреждений при возникновении разногласий с решением территориальных комиссий.