Исполнители Программы несут ответственность за своевременное выполнение мероприятий, рациональное использование выделенных бюджетных средств.
Контроль исполнения Программы осуществляет Межведомственная комиссия Совета безопасности Российской Федерации по борьбе с преступностью и коррупцией.
Министерства, государственные комитеты и ведомства Российской Федерации, указанные в графе "исполнители" Программы первыми, являются ответственными за выполнение соответствующих мероприятий и представляют в МВК к 20 июля 1994 года, 20 января и 20 июля 1995 года доклады о работе над Программой. По результатам работы над Программой за полугодие Межведомственная комиссия заслушивает представителей министерств и ведомств - исполнителей Программы, по итогам которого принимается соответствующее решение, обязательное для исполнителей Программы.
По итогам реализации Федеральной Программы Межведомственная комиссия готовит ежегодный доклад Президенту Российской Федерации.