Президент Российской Федерации осуществляет контроль за ходом выполнения основных задач, возложенных на Федеральное агентство, утверждает программы развития федеральных органов правительственной связи и информации и санкционирует проведение мероприятий этих органов, затрагивающих жизненно важные интересы Российской Федерации.