В целях преодоления обострившихся противоречий между развитием производительных сил и сохранением экологического равновесия в регионах с неблагополучной окружающей средой, а также обеспечения естественного развития экосистем, сохранения и восстановления уникальных природных комплексов и ландшафтов при решении территориальных экономических проблем на основе оптимизации режимов природопользования и защиты окружающей среды предусматриваются следующие основные направления деятельности:
выведение из кризисной экологической ситуации ряда крупных городов и промышленных центров;
преодоление последствий радиоактивного загрязнения территорий;
сохранение природного комплекса бассейна озера Байкал;
осуществление программы "Возрождение Волги";
восстановление нарушенных экосистем прибрежной полосы Черного моря;
защита населения и прибрежных территорий от последствий подъема уровня Каспийского моря;
сохранение природных комплексов Онежского, Ладожского озер и Невской губы;
решение экологических проблем районов Крайнего Севера с обеспечением особого режима природопользования;
сохранение и восстановление экосистемы санаторно-курортного комплекса "Кавказские Минеральные Воды".