Механизм реализации Программы предусматривает использование различных форм и методов государственной поддержки и экономического стимулирования.
На федеральном уровне осуществляются управление, координация и контроль за реализацией Программы, прямое финансирование из федерального бюджета мероприятий социальной сферы и инфраструктуры, создание благоприятного инвестиционного климата, разработка правовой базы и научное сопровождение.
В целях эффективного использования финансовых ресурсов, направляемых на реализацию мероприятий Программы, будут привлечены средства внешних инвесторов, в том числе путем разработки и реализации совместных проектов на условиях долевого финансирования.
Администрация Сахалинской области осуществляет долевое финансирование мероприятий Программы за счет средств бюджета области, а также предоставление в соответствии с законодательством Российской Федерации льгот по налогам и тарифам на региональном уровне для инвесторов, участвующих в реализации Программы.
Органами местного самоуправления решаются относящиеся к их компетенции вопросы финансирования мероприятий Программы и осуществляется оперативный контроль реализации соответствующих мероприятий.