Контроль за реализацией Программы осуществляется Московским областным координационным советом по жилищной политике при Губернаторе Московской области.
Оперативное управление и текущий контроль за выполнением мероприятий Программы осуществляет государственный заказчик Программы.
Центральные исполнительные органы государственной власти Московской области в соответствии с Перечнем мероприятий Программы ежеквартально до 10 числа месяца, следующего за отчетным кварталом, направляют государственному заказчику Программы отчет о ходе выполнения мероприятий Программы, ответственными за выполнение которых они являются.
Государственный заказчик Программы направляет в Министерство регионального развития Российской Федерации, Московский областной координационный совет по жилищной политике при Губернаторе Московской области информацию о ходе реализации Программы за год не позднее 25 числа второго месяца, следующего за отчетным годом.