Основная цель в области рационального использования природных ресурсов и охраны окружающей среды - улучшение качества окружающей среды, снижение негативной нагрузки на природную среду от различных видов хозяйственной деятельности, рациональное использование природных ресурсов, оздоровление озера Байкал и Байкальской природной территории в пределах Республики Бурятия, совершенствование управления в целях предотвращения аварий природного и техногенного характера.
Результат достижения цели будет определяться следующими индикаторами: