К особо охраняемым природным территориям области относятся: государственный природный заповедник "Магаданский", состоящий из 4 участков (Кава-Чоломджинский, Сеймчанский, Ольский, Ямский), а также 10 комплексных и зоологических заказников регионального значения, комплексный природный парк регионального значения "Озеро Джека Лондона", памятник природы федерального значения "Остров Талан", 23 памятника природы регионального значения.
В числе особо охраняемых природных территорий области находятся заповедники: "Одян" (Ольский район, полуостров Кони), "Кавинская долина" (Ольский район, правый берег р. Кава), "Тайгонос" (Северо-Эвенский район, полуостров Тайгонос), "Сугой" (Среднеканский район, р. Сугой), "Хиники" (Сусуманский район, р. Хиники).
Общая площадь особо охраняемых природных территорий составляет 2785,2 тыс. га, или около 6,1%, из нее заповедник "Магаданский" занимает 883,8 тыс. га (1,9%), заказники - 1843,6 тыс. га (4%), национальные парки и природные памятники - 2207 га (0,1%).