Контрольные полномочия контрольно-счётной палаты распространяются на органы государственной власти Ненецкого автономного округа, государственные органы Ненецкого автономного округа, учреждения, финансируемые за счёт средств окружного бюджета, территориальные государственные внебюджетные фонды, органы местного самоуправления муниципальных образований Ненецкого автономного округа, организации вне зависимости от видов и форм собственности, получающих, использующих средства окружного бюджета или использующих окружную собственность либо управляющих ею, а также хозяйственные общества, доля в уставном капитале которых принадлежит Ненецкому автономному округу (далее – контролируемые организации).