В 2008 году Президентом Российской Федерации Д.А.Медведевым было принято решение о восстановлении Воскресенского Новоиерусалимского ставропигиального мужского монастыря (г.Истра) в рамках системы государственных мер по его возрождению как одного из крупнейших православных духовных центров России.
По поручению Президента Российской Федерации в октябре 2008 года был сформирован Попечительский совет Благотворительного фонда по восстановлению Воскресенского Новоиерусалимского ставропигиального монастыря.
Главной проблемой реализации задач восстановления монастыря является полная передача ансамбля Новоиерусалимского монастыря Русской Православной Церкви и вывод Государственного учреждения культуры Московской области "Историко-архитектурный и художественный музей "Новый Иерусалим", который с момента своего основания в 1920 году по настоящее время располагается на территории памятника истории и культуры - ансамбля Воскресенского Новоиерусалимского монастыря.
На протяжении более чем 80-летней истории музей известен как хранитель самого крупного и уникального историко-художественного собрания среди музеев Московской области.
До начала Великой Отечественной войны 1941-1945 годов музей имел статус Московского областного краеведческого музея (в 1970-1980 годах в его составе насчитывалось 13 филиалов, рассредоточенных по всей территории Московской области).
Под таким названием музей вошел в мировую историю, так как данные о его разрушении и разорении коллекций дивизией СС "Райх" в 1941 году фигурировали на Нюрнбергском процессе как акт сознательного варварства, а ущерб музею был оценен в 47,45 миллиона золотых рублей. (В 2006 году в музее были подготовлены и изданы два тома Сводного Каталога музейных ценностей, похищенных и утраченных в период Второй мировой войны).
В послевоенный период архитектурный ансамбль монастыря и действующий в нем музей были подняты из руин. Исследовательские и восстановительные работы по ансамблю начаты уже в 1942 году, и на отдельных его объектах продолжаются в настоящее время.
После восстановления разрушенные объекты приспосабливались для экспозиций, фондохранилищ и других нужд музея, в структуру которого в 1970-1980-е годы вошли также памятники народного деревянного зодчества Московского региона. Они были музеефицированы и стали частью этнографической экспозиции музея под открытым небом.
В настоящее время музей расположен в зданиях, которые подлежат освобождению и передаче монастырю.
Фонды музея насчитывают около 170 тыс.единиц хранения, в их число входят археологические, исторические, этнографические и художественные коллекции, бытовые и мемориальные комплексы разных эпох. Музей хранит уникальные материалы, посвящённые истории строительства и реставрации Новоиерусалимского монастыря.
Значительную часть музейного фонда составляют произведения живописи, мебели, прикладного искусства и предметы быта из подмосковных усадеб.
Наиболее цельно в коллекции представлено русское искусство, особенно периода расцвета русской усадебной культуры XVIII-первой половины XIX веков. Небольшой раздел западного искусства имеет также усадебное происхождение и отражает не только отдельные этапы в развитии европейского искусства, но и пристрастия собирателей, характеризуя усадьбы как культурные центры своего времени.
Эти коллекции предоставляют широкую возможность создания региональных историко-культурологических экспозиций и выставок.
Являясь Московским областным краеведческим музеем, он активно формировал фонд исторических материалов и документов, посвященных истории Московского края с древнейших времён до наших дней.
Музейные коллекции, разделенные по видам материалов, хранятся в 12 хранилищах, которые находятся в различных приспособленных объектах монастырского комплекса. Общая площадь хранилищ составляет около 900 м(2).
За все годы существования музея сюда не прекращался большой поток посетителей, как верующих, так и просто любителей и ревнителей отечественной культуры. Музей всегда, на всех этапах своего, порою очень сложного, существования выступал рачительным хранителем и успешным пропагандистом Нового Иерусалима как Российской Палестины. Практически за все годы своего существования музей исполнял эту просветительскую миссию; эта традиция не прерывается и поныне, когда на территории Нового Иерусалима существуют две структуры - монастырь и музей. Ежегодно с коллекциями музея знакомятся более 300 тыс.посетителей.
Объем внебюджетных средств, зарабатываемых музеем, составляет более 13,0 млн.рублей ежегодно.
Поскольку нормы законодательства в сфере музейного дела четко определяют требования к условиям хранения и публичного представления государственных собраний, вывод музея может быть осуществлен только после строительства нового здания музея "Новый Иерусалим".
Обеспечение вывода музея "Новый Иерусалим" в новое здание в практике музейного дела России является на сегодняшний день уникальным и единственным случаем, так как музей с таким большим и разнообразным коллекционным собранием планируется вывести и разместить в новом здании в 3-летний срок с одновременным его строительством (до настоящего времени прецедентами являлись выводы отдельных частей музея в уже имеющиеся здания, либо совместное использование с церковью).