Основными задачами Аппарата являются:
2.1. Организационное, правовое, финансовое, кадровое, документационное, информационно-технологическое, материально-техническое и иное обеспечение деятельности губернатора Магаданской области и администрации Магаданской области.
2.2. Организация контроля и проверка деятельности исполнительных органов государственной власти Магаданской области по выполнению постановлений и распоряжений губернатора Магаданской области и постановлений администрации Магаданской области, поручений губернатора Магаданской области по реализации федеральных законов, указов и распоряжений Президента Российской Федерации, постановлений и распоряжений Правительства Российской Федерации, поручений полномочного представителя Президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе, законов Магаданской области, других нормативных правовых актов.
2.3. Организация взаимодействия губернатора Магаданской области и администрации Магаданской области с органами государственной власти Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления.