В состав секретариата входят ответственный секретарь Комиссии и два секретаря Комиссии.
Ответственный секретарь Комиссии назначается Правительством Санкт-Петербурга в числе других представителей исполнительных органов государственной власти Санкт-Петербурга.
Секретари Комиссии избираются сторонами, представляющими объединения профсоюзов и объединения работодателей.
Секретариат:
организует подготовку и проведение заседаний Комиссии и заседаний координационного совета;
осуществляет делопроизводство в Комиссии;
выполняет иные функции в соответствии с регламентом Комиссии, решениями Комиссии и решениями координационного совета.