На ООПТ Ленинградской области расположены базы и станции научно-исследовательских организаций: Гидрологическая станция института озероведения (памятник природы "Озеро Красное"), Научно-исследовательская база Государственного научно-исследовательского института озерного и речного рыбного хозяйства (комплексный заказник "Сяберский"), Болотная станция Государственного гидрологического института (заказник "Болото Ламмин-Суо"), Научно-исследовательский стационар Санкт-Петербургского научно-исследовательского института лесного хозяйства (природный парк "Вепсский лес"). Болотная станция Ботанического института имени В.Л.Комарова (комплексный заказник "Чистый мох"), учебная и научная база Санкт-Петербургской лесотехнической академии (заказник "Лисинский"), база Санкт-Петербургского горного института (памятник природы "Саблинский").
Специалистами в течение многих десятилетий ведутся стационарные исследования на ООПТ "Раковые озера", "Озеро Мелководное", "Мшинское болото", "Выборгский", "Березовые острова" и других. Накопленный научный потенциал позволяет использовать имеющуюся информацию при проектировании изменений в режимах охраны ООПТ.
Программой предусматривается получение данных по фактическому состоянию природной среды ООПТ, подготовка рекомендации по сохранению геологических объектов, лесных насаждений, природных комплексов и объектов, редких видов животных и растений.