К полномочиям Правительства Санкт-Петербурга в сфере железнодорожного транспорта на территории Санкт-Петербурга относятся:
1) разработка и принятие нормативных правовых актов в сфере железнодорожного транспорта на территории Санкт-Петербурга в пределах своей компетенции;
2) определение источника финансирования содержания и эксплуатации железнодорожных путей общего пользования, имеющих государственное, социальное или оборонное значение, в случае невозможности их закрытия;
3) определение источника финансирования содержания и эксплуатации железнодорожных станций, имеющих государственное, социальное или оборонное значение, для выполнения всех или некоторых операций, связанных с приемом и отправлением поездов, приемом, выдачей, погрузкой, выгрузкой, сортировкой, хранением грузов (в том числе в контейнерах), багажа и грузобагажа, в случае невозможности их закрытия;
4) внесение на рассмотрение владельца инфраструктуры железнодорожного транспорта предложения о совершенствовании графиков движения поездов;
5) обеспечение возмещения убытков, возникающих при перевозке пассажиров и их багажа железнодорожным транспортом в пригородном сообщении, в связи с регулированием тарифа.