Общий контроль за выполнением Программы осуществляется вице-губернатором Ленинградской области, курирующим вопросы агропромышленного и рыбохозяйственного комплекса.
Контроль за целевым использованием бюджетных средств, направленных на реализацию Программы, осуществляется вице-губернаторами Ленинградской области по профилю деятельности, комитетом по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области, комитетом по строительству Ленинградской области, комитетом по энергетическому комплексу и жилищно-коммунальному хозяйству Ленинградской области, комитетом финансов Ленинградской области и администрациями муниципальных образований.
Руководители отраслевых органов исполнительной власти Ленинградской области, участвующих в Программе, ежемесячно до 3-го числа месяца, следующего за отчетным, представляют в комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области отчеты о выполнении и финансировании мероприятий Программы.
Комитет по агропромышленному и рыбохозяйственному комплексу Ленинградской области представляет отчет о ходе реализации Программы ежеквартально, до 15-го числа месяца, следующего за отчетным, в комитет экономического развития и инвестиционной деятельности Ленинградской области и ежегодно, до 1 февраля года, следующего за отчетным, - в Правительство Ленинградской области.